广东省微生物研究所前身是中科院中南真菌研究室，始建于1964年5月，1972年改为现名，隶属广东省科学院，为事业单位。现有职工175人，专业技术人员138人，其中高级36人，中级57人，硕士35人，博士11人。固定资产4100万元，万元以上仪器有170台（套），中外文专业藏书13300多册，英文图书6200多册，期刊10500多册。承担国家食品安全“十五”重大科技专项、国家基金、国家863、国家科技型中小型技术创新基金项目、国家生物高新技术产业化示范工程项目、教育部产学研项目、粤港招标项目、广东省基金团队项目、省自然科学基金项目、省重大、重点科技攻关项目、广州市重大重点科技项目等；已取得科技创新成果133项；获国家及省部级成果奖励75项，其中获得成果奖3项、省部级一等奖5项、广州市一等奖1项；申请国家专利100多项，授权发明专利35项，2006年我所发明专利申请数量在粤科研机构中排名第二，为全国特别是广东省的食品、医药、轻化工、环保和农业产业的一大批龙头和骨干企业提供了生物高新技术成果，极大地促进了生物高新技术产业的发展，取得了显著的经济效益和社会效益，获得了政府和社会的瞩目及广泛认可。设在本所的广东省菌种保藏与应用重点实验室在2000年、2003年和2006年连续三次被评为广东省重点实验室。

目前，本所的科技业务工作主要有科技创新、公正性监督检测和成果转化及产业化三个方面，其中科技创新主要依托广东省菌种保藏与应用重点实验室和广东省微生物应用新技术公共实验室；公正性监督检测主要依托广东省微生物分析检测中心和广东省食用菌产品质量监督检验站；成果转化及产业化载体主要为食用菌研究发展中心（广东粤微食用菌技术有限公司）、微生物检测新技术研究发展中心（广东环凯微生物科技有限公司）、微生物工程研究发展中心（广东迪美生物技术有限公司）及环境微生物研究发展中心（广东省南方科技产品开发有限公司）等四个集科研、开发、生产及经营一体化的研究发展中心，以及广东天辰生物技术有限公司和广东碧德生物技术有限公司等两个科技型公司。重点领域为微生物的基因工程及应用研究、微生物的育种和发酵工程、环境微生物及污染物的治理、微生物检测与诊断及防治、微生物资源多样性研究与前期开发五个方面。目前所内已形成环境微生物学、资源微生物学、分析微生物学和霉腐微生物等四个优势学科，具有博士研究生和硕士研究生培养能力，现有11位一、二级岗位的学科带头人，承担了包括国家“863”、基金、攻关和省、市基金、攻关、高新技术以及科技援藏等一大批重大项目。所内建有华南地区的微生物菌种资源库和大型真菌标本馆，是我国南方具有热带及亚热带优势和特色的微生物资源中心。

经广东省机构编制委员会批准，依据粤机编办[1999]169号文，在广东省微生物研究所的基础上成立“广东省微生物分析检测中心”，并于1999年通过计量认证（CMA），具有独立法人地位和第三方实验室地位。2004年共43类172项检测项目通过中国实验室国家认可委员会（CNAL）认可，检测数据可获得国际互认，成为可为社会提供用于贸易出证、产品质量评价、成果鉴定的公证数据的合法检测机构，具有法律效力。检测中心在检测业务上接受广东省质量技术监督局领导，现有人员64名，其中高、中级职称人员近50%，用于检测的仪器设备近70台(套)，检测总面积约1000平方米，为分析检测工作提供了符合检测质量的环境。2005年被广东省科技厅批准作为联合组建的“广东省材料检测与评价科技创新平台”中的材料（制品）防霉抗菌及安全性检测与评价中心；2006年被广东省科技厅批准作为联合组建的“广东省食品安全检测与评价科技创新平台”中的食品微生物安全性检测与评价中心，并作为该平台建设的主要承担单位，为本所承担本项目积累了经验并打下了良好和坚实的基础。

检测中心按照ISO/IEC17025：2005建立了完善的管理体系，技术力量雄厚，检测设备齐全，保证检测工作高质量，做到科学性、公正性和准确性，服务周到、热情、优质。检测中心自成立以来，已赢得了全国各地广大客户的信赖，在华南地区乃至全国享有很高的知名度和影响力，省内外一些食品、医药、日用品、化工、生物、环保和农业等领域的大型企业长期委托本中心进行分析检测以及帮助他们解决生产过程中的质量监控问题。如达能益力、乐百氏、百事可乐、可口可乐、达能酸乳酪、必胜客、宝洁、广州统一企业、光明牛奶……等国内外知名品牌，长期与检测中心合作，委托检测中心开展检测业务。检测中心的专家还积极跟踪各行业的国际标准、并长期参加食品微生物学检验、卫生微生物检测培养基、抗菌材料等多个产业的国家标准和行业标准修订、起草和制定。检测中心现为中国抗菌材料及制品行业协会“抗菌标志产品”抗菌性能和中国针织工业协会抗菌针织品的抗菌性能指定推荐检验机构、中日两国“抗菌互认”指定推荐检验机构及广东省轻工协会—香精香料化妆品洗涤用品专业分会推荐的微生物检验机构。

同时，广东省微生物学会、广东省生物技术生产力促进中心、广东省食用菌行业协会挂靠广东省微生物研究所，对广东省生物技术产业及广东省微生物分析检测在协调、指导、监督检测等方面起到十分重要的作用。

广东省微生物研究所下设6个公司，即：广东环凯微生物科技有限公司、广东省南方环保生物科技有限公司、广东迪美生物技术有限公司、广东碧德生物科技有限公司、广东粤微食用菌技术有限公司、广东天辰生物技术有限公司。

广东环凯微生物科技有限公司是广东省微生物研究所属下的省级高新技术企业，自1993年成立以来，一直致力于生物安全监测与控制产品的研发、生产和经营。
环凯是国内食品安全检测和控制高技术产品的重要研发和生产基地，近年来通过承担国家和省部级食品安全科技项目，取得国家和广东省科学技术奖励七项，获得国家专利二十七项。公司拥有一支高学历、年青富有激情的微生物研发、生产及营销团队，大专以上学历职工占总人数的80%。
环凯规模化生产微生物检测产品；水质快速检测系列产品；高效环保洗涤消毒剂产品以及生物安全实验室装备等四大系列近600个品种的产品，广泛应用于国内各省市、港澳台地区以及东南亚国家。目前，公司已成为国内的微生物检测产品生产企业之一、华南地区的食品工业用、医用高效环保洗涤消毒剂生产企业之一……
2007年金秋十月，位于广州科学城的环凯研发和生产基地正式落成并交付使用。公司新基地总建设面积12000m2，拥有6条先进生产线和大量高档检测仪器及设备，其中微生物检测产品厂拥有符合GMP标准的生产车间；消毒剂厂拥有多条高标准、现代化食品工业用、医用高效环保洗涤消毒剂生产线……
环凯产业化基地的交付使用标志着公司的生产、研发硬件条件处于国内同行业的领先地位，进一步巩固了公司在国内食品安全检测和控制领域的重要地位。

广东粤微食用菌技术有限公司是广东省微生物研究所下属的科技型有限责任公司，公司成立于1998年11月，是在广东省微生物研究所食用菌研究室基础上创建而成，注册资本500万元，是广东省高新技术企业，主要从事食用菌研究开发、生产、销售及食用菌栽培的技术服务。公司作为“中科院广州分院、广东省科学院生物高新技术产业化示范基地”的入驻企业，在广州科学城建设保健食品生产基地：占地面积 7239㎡，项目投资2500万元，总建设面积8000㎡，于2008年6月正式投产。
公司现有员工60人，具有大专以上学历的科技人员占员工总数的64％，其中高级职称6人、中级职称4人；从事研究、开发的科技人员占员工总数的28％。公司的创建为科研成果及专有技术自行实施产业化搭建了平台，其创造的经济效益作为科研投入，每年研发经费投入占销售收入8%以上，近几年随着公司业绩的快速增长，研发经费逐年增加，有效地促进了公司产品的升级换代和新产品的开发，实现了产业化和研发中心的良性互动。由于粤微公司实行研究、开发、生产和经营一体化运作，公司的研发机构是广东省微生物研究所的食用菌研究发展中心，依靠广东省重点实验室广东省菌种保藏与应用重点实验室先进的实验仪器设备和生物材料资源，公司成立以来承担了国家创新基金项目、国家农业成果转化资金项目、省百项工程、省市重点攻关等多项科技计划项目，并取得技术鉴定成果6项，获得国家科学技术进步奖二等奖1项、广东省科学技术奖一等奖1项，申请国际专利1项、国家专利 13 项，获国家发明专利授权5项，获得2个国家保健食品批文，在国内外发表论文10多篇，为促进公司的持续快速发展提供关键技术；依托加拿大多伦多大学分子生物学与细胞生物学研究部杨柏华教授实验室，从细胞生物学、分子生物学角度研究食、药用菌作用机理，为促进公司的持续快速发展提供关键技术，为开发新产品起到关键作用。在科技成果转化和技术开发中积累了丰富的经验，并取得了一批具有自主知识产权的技术成果和产品：全灵芝剥壁孢子粉等灵芝系列产品和其它菌类多糖的开发。广东粤微食用菌技术有限公司是广东省食用菌协会副理事长单位，2005年5月公司被广东省科技厅认定为《广东省高新技术企业》，2006年7月通过ISO9001：2000国际管理体系认证。